La directive 2003/30/EC a fixé à 5,75 % en contenu énergétique l'objectif indicatif d'incorporation de biocarburants dans les carburants pétroliers. Une autre directive, 2003/96/EC, dans son article 16, offrait la possibilité aux États membres d'adapter la fiscalité des carburants pour favoriser le développement des biocarburants en compensant leur surcoût par rapport aux produits pétroliers.

Le système a permis le démarrage des biocarburants dans de nombreux États membres, mais il se révèle insuffisant pour atteindre l'objectif fixé, coûteux pour leur budget et préjudiciable aux échanges intra-communautaires de carburants étant donné les disparités qu’il introduit entre États membres.

La directive 2003/30/EC fait actuellement l’objet d’une révision avec  notamment l’instauration d’un objectif d’incorporation obligatoire de 10% au minimum en 2020, dont les modalités restent à définir. Dans le même temps, la révision de la directive sur la qualité des carburants, propose la création d’un nouveau grade essence à forte teneur en oxygène (3.7% en volume) qui permettrait d’incorporer jusqu’à 10% en volume d’éthanol ou 22% d’ETBE. L’obligation de diminuer les émissions de gaz à effet de serre des carburants fait l’objet d’un intense débat qui pourrait aboutir à favoriser les biocarburants les plus performants dans ce domaine.